الف- تعدیل درآمد مشمول مالیات و توافق با مؤدی برای پرداخت آن

ب- صدور رأی برای رفع تعرض از مؤدی مالیاتی یا به عبارتی رد برگ تشخیص مالیات

ج- تأیید ماخذ درآمدی که مشمول مالیات واقع شده است و یا بعبارتی تأیید اقدامات حوزه مالیاتی

د- صدور قرار رسیدگی مجدد و اعاده پرونده برای رسیدگی مجدد توسط مأمور تشخیص دیگری به غیر از مأمور امضاء کننده برگ تشخیص اولیه

ه- صدور قرار رفع نقص به دلیل نقص و ایراد وارده بر تشخیص مالیات

و- صدور رأی مبنی بر عدم قابلیت طرح پرونده در هیئت حل اختلاف مالیاتی که به نوعی حاکی از قطعیت مالیات موضوع برگ تشحیص است.

ی- عدم صلاحیت هیئت جهت رسیدگی به موضوع اختلاف و اعاده پرونده به حوزه مالیاتی جهت اقدامات بعدی.

واکنش هر یک از طرفین دعوا اعم از مؤدی مالیاتی و حوزه مالیاتی به رأی صادره با توجه به نوع و ماهیت رأی متفاوت است؛ درصورتیکه مضمون رأی تعدیل مأخذ درآمد محاسبه مالیات بوده و به نوعی با مؤدی توافق شده باشد و رقم این تعدیل بیش از ۲۰ درصد باشد به حکم بند ۲ ماده۲۴۷ قانون مالیات‌های مستقیم مأمورتشخیص می‌تواند ظرف مهلت یک ماه از تاریخ ابلاغ رأی، اعتراض کتبی خود را به قسمت وصول یا حسب مورد به حوزه مالیاتی مربوطه تسلیم نماید. ممکن است بنا به دلایلی تعدیل مأخذ درآمد مبنای محاسبه مالیات صادر شده در رأی بدوی مورد قبول مؤدی نیز نباشد همچنین درحالتی که مأخذ درآمد مبنای صدور برگ تشخیص مورد تأیید هیئت قرار بگیرد در هر دوی این حالات مؤدی مالیاتی نیز می‌تواند به رأی صادره مجددا اعتراض نماید؛ اگر رأی صادره از هیئت حل اختلاف مالیاتی بدوی مبنی بر رد برگ تشخیص و رفع تعرض از مؤدی مالیاتی و یا تعدیل درآمد مأخذ صدور برگ تشخیص باشد در هر دو حالت هیئت مکلف است نسخه ای از آرای صادره را به انضمام رونوشتی از برگ تشخیص به دادستانی انتظامی مالیاتی ارسال نماید تا ضمن بررسی مشخص گردد که در جریان تشخیص و یا رسیدگی به اختلافات مالیاتی تخلفی روی داده است یا خیر. این بعد نظارتی که در دادستانی مالیاتی اعمال می شود یکی از نقاط قوت قانون مالیات مستقیم است که قانون‌گذار به درستی آن را پیش‌بینی نموده است زیرا این امر سبب می شود هم مأموران تشخیص مالیات و هم اعضای هیئت های حل اختلاف مالیاتی با کمترین اتلاف وقت و کمترین هزینه های اداری در کار خود دقت بیشتری بعمل آورند.

این نوع دادرسی به جهت شباهتی که چه از لحاظ ساختار و چه از لحاظ رسیدگی به دادگاه های دادگستری دارد شبه قضایی نامیده می شود. در این نوع دادرسی هیأتهای حل اختلاف مالیاتی شبیه مراجع دادگستری به حل اختلاف می پردازند و در واقع قضاوت اداری این هیأتها در مقابل قضاوت عادی دادگاه های دادگستری قرار می‌گیرد با این تفاوت که مراجع شبه قضایی سیستم مالیاتی ، اختلاف مؤدی را با اداره امور مالیاتی حل می نمایند در حالی که دادگاه های دادگستری به اختلاف میان مردم رسیدگی می‌کنند و از طرفی از لحاظ ساختار و مراحل رسیدگی نیز مانند دادگاه های دادگستری اختلاف ابتدا در مرحله بدوی سپس تجدید نظر و سرانجام در دیوان عدالت اداری رسیدگی می شود. دادگاه های دادگستری که به تمام دعاوی کیفری و حقوقی از کم اهمیت تا بسیار با اهمیت در تمام موضوعات مطروحه رسیدگی می‌کنند روند رسیدگی کندتری نسبت به رسیدگی در اداره مالیات دارند.تدوین کنندگان قانون مالیات‌های تا حد زیادی روند رسیدگی را منطبق با رسیدگی پرونده ها در دادگستری نموده اند به طوری که اگر مراجع مالیاتی با مراجع دادگستری منطبق سازی شود نتایج زیر به دست می‌آید:

شورای حل اختلاف = تشخیص مالیات با رأی ممیزین

دادگاه حقوقی= هیئت حل اختلاف بدوی مالیاتی

دادگاه تجدیدنظر= هیئت حل اختلاف تجدیدنظر مالیاتی

دیوان عالی کشور= شورای عالی مالیاتی

هیئت عمومی دیوان عالی کشور= هیات عمومی شورای عالی مالیاتی

اختیار رئیس قوه قضائیه ماده ۱۸ اصلاحی قانون تشکیل دادگاه های عمومی و انقلاب = اختیار وزیر اقتصاد در ماده ۲۵۱ مکرر قانون مالیات‌های مستقیم

البته هدف در رسیدگی های مالیاتی کم شدن چند درصد مالیات مؤدی است؛ مالیاتی که بر فرض اینکه اشتباه هم باشد عواید آن اگر مالیات به نحو درست مصرف شود به نفع عموم مردم است.

این نوع دادرسی توسط هیئت حل اختلاف مالیاتی انجام می شود و از این جهت به آن دادرسی مستقل نیز گفته می شود که اعضای هیئت مذکور هیچ یک زیر نظر مدیر امور مالیاتی نیستند و بعبارت دیگر مدیر امور مالیاتی بر نحوه انجام وظایف اعضای هیئت های مذکور نظارت ندارد و از نظر اداری و قانونی نیز حق امر و نهی به اعضای مذکور را ندارد.

مواد ۱۷۰و ۲۴۴ قانون مالیات‌های مستقیم هیأتهای حل اختلاف مالیاتی را به ‌عنوان مرجع رسیدگی به هر گونه اختلافات مالیاتی معرفی نموده است و اگر به موجب سایر مقررات مرجع رسیدگی دیگری تعیین شده باشد طبعا مرجع مذکور به اختلافات رسیدگی خواهد نمود در غیر اینصورت هر گونه اختلافات در هیأتهای حل اختلاف مالیاتی قابل طرح و رسیدگی است. ترکیب اعضای هیأتهای حل اختلاف مالیاتی و طرز انتخاب و معرفی آن ها و طرز تشکیل جلسات و نحوه اداره امور هیاتهای مذکور به موجب ماده ۲۴۴ و تبصره های آن مقرر شده است و ماده ۲۴۵ شرایط لازم برای انتخاب نمایندگان سازمان امور مالیاتی کشور در مقام عضویت هیاتهای حل اختلاف را تعیین نموده است. هیاتهای مذکور به دو دسته بدوی و تجدیدنظر تفکیک می‌شوند و دادرسی مذبور از این حیث که مرجع رسیدگی برای نیل به واقعیت امر در حدود مقررات حق ورود به ماهیت موضوع و اختلاف را از ‌هر جهت دارد ماهیتی نامیده می شود. از نکات مهم در این نوع دادرسی آن است که به موجب ماده ۲۴۶ قانون مالیات‌های مستقیم وقت رسیدگی هیئت حل اختلاف مالیاتی باید جهت حضور مؤدی و نماینده امور مالیاتی به آن ها ابلاغ شود لکن فاصله ابلاغ و روز تشکیل جلسه نباید کمتر از ده روز باشد مگر به درخواست مؤدی و موافقت واحد مربوطه و البته عدم حضور مؤدی یا نماینده امور مالیاتی مانع از رسیدگی و صدور رأی نخواهد بود. به موجب ماده ۲۴۸ قانون مذبور رأی هیئت حل اختلاف مالیاتی بایستی متضمن اظهارنظر موجه و مدلل نسبت به اعتراض مؤدی بوده و درصورت اتخاذ تصمیم به تعدیل درآمد مشمول مالیات جهات و دلایل آن توسط هیئت در متن رأی قید شود.در مواردیکه هیئت مذکور در محاسبه اشتباهی کرده باشد ‌بر اساس ماده ۲۴۹ قانون مذبور به درخواست مؤدی یا اداره امور مالیاتی هیئت مربوطه مکلف به رسیدگی و اصلاح رأی می‌باشد علاوه بر این هیأتهای حل اختلاف مکلفند مأخذ مورد محاسبه مالیات را در متن رأی قید نمایند.