فعالیت‌های اکو در زمینه تجارت در سه دسته مشخص، گروه‌بندی شده است:
ـ آزادسازی تجارت؛
ـ فعالیت‌ها و طرح‌های تسهیل تجارت؛
ـ همکاری با سازمان‌های بین‌المللی دیگر.
هدف اصلی این بخش از فعالیت‌های اکو، آسان‌سازی مبادلات منطقه‌ای، ظرفیت‌سازی در زمینه‌های مربوط به گمرک و ایجاد محیط مناسب برای تجارت منطقه‌ای بود. نخستین موافقت‌نامه‌ی تجاری منطقه، ایاکو (۱۹۹۱) با امضای سه کشور ایران، ترکیه و پاکستان با هدف توسعه تجارت منطقه‌ای، به عنوان نخستین قدم در جهت حذف موانع تجاری شکل گرفت، البته در عمل اقدام مؤثری انجام نشد. یکی از علل عدم موفقیت آن نوع کالاهای انتخاب شده برای تعرفه بود. میزان موفقیت استفاده از ابزار کاهش تعرفه، به نوع کالاهای مشمول تخفیف تعرفه بسیار بستگی دارد. در مذاکرات مربوط به کاهش تعرفه، کالاهایی باید مورد نظر قرار گیرند که گسترش تجارت درون منطقه را بدون انحراف تجارت فراهم آورند.
بر اساس موافقت‌نامه‌ی دیگری که با عنوان موافقت‌نامه‌ی همکاری تجاری اکو در سال ۲۰۰۵ تنظیم و امضا شد، کشورهای عضو با یک جدول زمانی هشت ساله، تعرفه‌های خود را برای هشتاد درصد از کالاهای قابل مبادله به صورت تدریجی کاهش داده و به سقف حداکثر پانزده درصد خواهند رساند. بر این اساس اعضا در مدت دو سال کلیه موانع غیر تعرفه‌ای و شبه تعرفه‌ای را از میان برمی‌دارند.
بر اساس آمارهای سال ۲۰۰۹ تجارت در درون منطقه حدود شش[۱۴۶] درصد از مجموعه داد و ستد کشورهای عضو را تشکیل می‌دهد که بسیار پایین‌تر از ظرفیت واقعی اعضا است. بر اساس سند چشم‌انداز ده ساله اکو، کشورهای عضو می‌کوشند، با کاهش موانع تعرفه‌ای و غیر تعرفه‌ای تا سال ۲۰۱۵ ،حجم تجارت میان اعضا را از شش درصد کنونی به بیست درصد افزایش دهند و یک منطقه آزاد تجاری تأسیس کنند. تسهیل در صدور روادید برای بازرگانان، از سال ۲۰۰۲ در کشورهایی که آن را تصویب کرده‌اند، لازم‌الاجرا شده است، ولی تصویب آن به معنای از میان رفتن موانع و دشواری‌های اجرای آن نیست.
تولید ناخالص داخلی (GDP) منطقه اکو در سال ۲۰۰۶ با متوسط رشد ۹/۶ درصد بالغ بر هشتصد و نود و یک میلیارد دلار شد که معادل ۸/۱ درصد تولید ناخالص ملی جهان بوده است. مقایسه این رقم با آمار سال ۲۰۰۲ که چهارصد و بیست و نه میلیارد دلار بود، رشدی بیش از صد درصد را نشان می‌دهد. حجم مبادلات تجاری اعضای اکو در سال‌های اخیر نشان می‌دهد تجارت در منطقه از رشد نسبی خوبی برخوردار شده است.
با بررسی رشد حجم مبادلات تجاری این کشورها با دیگر کشورهای جهان، نتیجه می‌گیریم که اگر برنامه‌ریزی مناسب صورت گیرد، می‌توان از ظرفیت‌های موجود در این کشورها برای افزایش بیشتر تجارت درون منطقه و تأمین سود بیشتر برای همه اعضای اکو بیشتر بهره‌برداری کرد. سهم این کشورها از واردات جهان از ۴۲/۱ درصد در سال ۲۰۰۰ به ۰۶/۲ درصد در سال ۲۰۰۵ افزایش یافت. سهم این کشورها از صادرات جهان هم از ۳۲/۱ درصد در سال ۲۰۰۰ به ۹۳/۱ درصد در سال ۲۰۰۵ افزایش یافته است.
در چارچوب اولویت‌های بخش حمل و نقل و ارتباطات، طرح بلند مدت آلماتی (قزاقستان) برای گسترش حمل و نقل تصویب شد. برنامه عمل برای دهه حمل و نقل اکو (۲۰۰۷-۱۹۹۸) هم در دومین نشست وزرای حمل و نقل و ارتباطات (عشق‌آباد ۱۹۹۸) به تصویب رسید. «موافقت‌نامه چارچوب حمل نقل و ترانزیت»، که کامل‌ترین موافقت‌نامه منطقه‌ای در زمینه مسائل مربوط به حمل و نقل ترانزیت و گمرک است، از ۱۹ مه ۲۰۰۶ لازم‌الاجرا شده است. کشورهای عضو در حال پیگیری راه‌های رفع موانع فیزیکی موجود برای گسترش حمل و نقل جاده‌ای هستند. در پرتو همکاری‌های اکو با سازمان‌های بین‌المللی امکان استفاده اکو از بانک اطلاعات بزرگراه آسیایی اسکاپ نیز فراهم شده است.
مطالعه امکان‌سنجی برای بررسی و تعیین ظرفیت بار و مسافر در منطقه، تدوین موافقت‌نامه جامع اکو در زمینه حمل و نقل هوایی بین‌المللی تدوین شده است و در خصوص ایجاد ارتباطات هوایی در منطقه اکو، به ویژه در میان پایتخت‌ها، شهرهای بزرگ و مراکز جهانگردی و سیاست آسمان‌های باز در منطقه و نیز برقراری روابط نهادینه با «ایکائو» نیز موافقت شده است. زمینه گسترش ظرفیت بنادر، امنیت دریایی و ارائه تسهیلات بندری به کشورهای محصور در خشکی و نیز موضوع ایجاد کمیته حمل و نقل دریایی اکو مورد توجه این سازمان قرار گرفته است.
در مجموع شبکه های حمل و نقل به عنوان ضرورت انکارناپذیر توسعه همکاری اقتصادی در کانون توجه این سازمان بوده است. تجارت درون منطقه‌ای، گردشگری، گسترش مستقیم روابط مردم منطقه و تبادل فرهنگی از جمله دستاوردهایی است که در نتیجه گسترش شبکه حمل و نقل حاصل شده است.
این واقعیت نیز که تعداد نشست‌های وزرای حمل و نقل کشورهای عضو اکو از سال ۱۹۹۳ تاکنون بیش از نشست‌های مشابه در حوزه های دیگر بوده است، حاکی از توجه ویژه کشورهای عضو به این حوزه همکاری است. در عهدنامه‌ی ازمیر (۱۹۹۰) و طرح عمل کویته (۱۹۹۳) تسریع در بسیج و استفاده بهینه از منابع عظیم انرژی منطقه اکو، به ویژه انرژی، گسترش شبکه خط لوله، اتصال شبکه های برق کشورهای عضو به منظور تأمین نیازهای انرژی کل منطقه و فراهم کردن امکان دسترسی اعضای محصور در خشکی به بازارهای بین‌المللی، از عناصر مهم راهبردی اکو در زمینه‌ی انرژی به شمار آمده است.
۷/۴ درصد نفت خام جهان و ۹/۲ درصد از گاز جهان در منطقه اکو تولید می‌شود. اعضای اکو ۳/۳ درصد از مجموع تولید قدرت الکتریسیته جهان را به خود اختصاص داده‌اند. دو قرارداد انتقال نفت در منطقه اکو به امضا رسیده است، که یکی از آن ها خط لوله صلح و دیگری خط لوله باکو ـ تفلیس ـ جیحان است. در زمینه‌ی همکاری‌های فرهنگی ـ اجتماعی مؤسسه فرهنگی اکو، بنیاد علمی اکو، مؤسسه آموزشی اکو و دانشکده بیمه اکو فعالیت خود را گسترش داده‌اند. گروهی که از سوی شورای وزیران وضعیت مؤسسه‌های وابسته به اکو و چگونگی فعال‌تر کردن آن ها را در سال ۲۰۰۱ بررسی کرده‌اند، به خلاءهای آموزشی و فرهنگی در منطقه اشاره کرده‌اند. به دلیل پیوندهای اجتماعی و فرهنگی این کشورها، مشکلات و مسائل اجتماعی پیش روی آن ها نیز تا حد زیادی به یکدیگر شباهت دارد.
با توجه به پیوستگی جغرافیایی کشورهای عضو اکو با یکدیگر، همکاری‌های نزدیک آن ها در زمینه بهداشت و کنترل مواد مخدر بسیار ضروری به نظر می‌رسد. دبیرخانه اکو در زمینه‌های بهداشتی، روابط کاری مناسبی با سازمان‌های بین‌المللی مانند سازمان بهداشت جهانی و صندوق جمعیت ملل متحد برقرار کرده و برنامه های مشترک آموزشی برای کارشناسان و مدیران کشورهای عضو اکو اجرا کرده که یکی از آن ها در فوریه ۲۰۰۶ در تهران، در مورد آنفلوانزای پرندگان بود.
