در نهایت، باید بپذیریم که شورای حل اختلاف یک دادگاه درون قوه قضائیه است که مرکز آن به طور مستقیم با رئیس قوه قضائیه در ارتباط است، بی آنکه لازم باشد برای ارتباط با رئیس به سلسله مراتب درون قوه قضائیه رجوع نماید. به ویژه آنکه به تازگی رئیس شورای حل اختلاف سمت معاونت رئیس قوه قضائیه را نیز دریافت نموده است و با این عمل، جایگاه شورای حل اختلاف در درون قوه ی قضائیه را اعتلا بخشیده است و علاوه بر آن، این انتصاب مقام سبب شده است که رئیس شورا بدون طی سلسله مراتبی که برای سایر مراجع متصور است، به طور مستقیم با رئیس در ارتباط باشد. هرچند که در قانون شوراهای حل اختلاف به این موضوع پرداخته نشده است و تنها با بررسی و مطالعه ی عمیق می توان به ماهیت و جایگاه شوراهای حل اختلاف دست یافت.اما امید است که در لایحه ای که در شهریور ماه ۱۳۹۳ به مجلس فرستاده شده است، به نحوه ی ارتباط شورای حل اختلاف با قوه قضائیه و به ویژه ماهیت آن توجه بیشتری گردد و در صورت سکوت لایحه، نمایندگان ملت خود اقدام به تدوین موادی در این خصوص بنمایند.
بهره سوم. عدم صلاحیت رئیس جمهور در سازماندهی ساختار اداری قوه قضائیه
نظریه ی تفکیک قوا زمینه ای اصلی برای تحقق استقلال قوه قضائیه است، به این معنا که از نظر عملکرد باید قوا از یکدیگر مجزا و منفک باشند و هرکدام وظایف خود را انجام دهند. استقلال قوه قضائیه ضامن حقوق بشر و جلوگیری از خشونت نسبت به افراد بشری به ویژه توسط قانون‌گذار است. [۷۶] بنابرین، آنجا که قصد اعطای صلاحیت به رئیس جمهور در خصوص قوه قضائیه را داریم باید به خوبی بدانیم که بااین عمل ممکن است به حقوق ملت آسیب وارد نماییم. به همین جهت لازم است که در خصوص اصل ۱۲۶ قانون اساسی دقتی ویژه نماییم و تا آنجا که ممکن است این اصل را در راستای استقلال قوه قضائیه تفسیر نماییم. برهمین مبنا در این بهره طی دوبند ابتدا به بررسی ساختارهای اداری موجد در قوه قضائیه و سپس به بررسی اصل ۱۲۶ قانون اساسی و امکان جمع آن با اصول دیگر قانون اساسی خواهیم پرداخت.
بند نخست. ساختار اداری قوه قضائیه دستخوش تغییرات و تحولات
همان طور که در مبحث گذشته ذکر گردید رئیس قوه قضائیه بنابر وظایف مقرر در اصل ۱۵۸ قانون اساسی وظیفه تشکیل ساختار های اداری قوه قضائیه را بر عهده دارد و در این راستا باید ضوابط مقرر، به ویژه « ایجاد نظام اداری صحیح و حذف تشکیلات غیرضرور»[۷۷]را رعایت بنماید. در نتیجه برای رعایت ضوابط و اصولی مانند آنچه که ذکر شد، قوه ی قضائیه در درون خود ساختارهای اداری را ایجاد نمود که برای مثال تشکیلات اداری پس از بازنگری بدین شکل بود که رئیس دارای چهار معاون اجرایی، قضائی، اداری ومالی و معاون طرح ها و برنامه ها بود. برای نمونه معاونت اجرایی دارای چند اداره کل می شد که شامل دبیرخانه، اداره کل تصفیه و امور ورشکستگی، دفتر نظارت و پیگیری، دفتر ارزشیابی، اداره کل روابط عمومی و دفتر امور بین الملل می گردید ومعاونان اداری ومالی و طرح ها و برنامه ها به دلیل تفویض اختیار بر اساس اصل ۱۶۰ قانون اساسی در عمل زیر نظر وزیر دادگستری فعالیت می نمودند. اما بعدها امور اداری قوه قضائیه دستخوش تغییراتی گردید که سمت تازه ای به نام معاون اول قوه قضائیه ایجاد گردید که امور کارگزینی اداری زیر نظر او قرار گرفت و در نهایت در سال ۱۳۸۰ نهاد قوه قضائیه تشکیل گردید که عملاً در تمام امور قوه قضائیه مداخله داشت. بعدها این نهاد خود به دو بخش مجزا تقسیم گردید که یکی از آن ها ریاست قوه قضائیه و دیگری تحت عنوان حوزه نظارت قضائی ویژه مشغول به کار شد.
بنابرین، رئیس قوه قضائیه در عرصه ی ایجاد تشکیلات اداری بنابر بر اصل ۱۵۸ قانون اساسی یکه تازی می‌کند، هر چند که برخی اداره ها مانند اداره تصفیه امور ورشکستگی و سازمان پرشکی قانونی به موجب قانون ایجاد شده اند ومقام مذکور در ایجاد آن ها نقشی نداشته است. اما این موضوع نمی تواند صلاحیت عام ایشان را در ایجاد تشکیلات اداری تحت الشعاع قرار دهد زیرا به خوبی می‌دانیم قانون گذار حق وضع قانون در تمام مسائل مملکتی را دارد.[۷۸] اما آنچه که در اینجا می‌تواند به مسئولیت و اختیارات رئیس، خدشه ای وارد نماید. وجود اصل ۱۲۶ قانون اساسی است که امور اداری واستخدامی کشور را برعهده ی رئیس جمهور قرار می‌دهد[۷۹]و این موضوع مولد شبهه ای می‌گردد که رئیس دستگاه قضا باید برای انجام وظیفه مقرر در بند ۱ اصل ۱۵۸ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران تابع نظر رئیس جمهور باشد و همواره باید از نظرات این مقام اجرایی تبعیت نماید و از ایشان کسب تکلیف نماید و در نتیجه، استقلال مطرح شده در اصل ۵۷ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران ناظر بر ایجاد تشکیلات اداری نبوده است. در نتیجه ضروری است در بند آینده به بررسی دایره شمول اصل ۱۲۶ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران پرداخت و تفسیری مناسب و در خور استقلال قوه قضائیه از آن نمود.
بند دوم. محدودیت قلمرو اصل ۱۲۶ قانون اساسی به قوه مجریه وسازمان های وابسته
